Pháp trợ giúp Nguyễn Ánh chiếm lại Gia Định
Các hoạt động quyên góp tiền sau này hay xây dựng, sửa sang thành Gia Định, Vĩnh Long, Châu Đốc, Hà Tiên, Biên Hòa, Bà Rịa, huấn luyện cơ đội pháo thủ, tổ chức bộ binh và rèn luyện tập binh lính theo lối châu Âu, trung gia mua tàu chiến và vũ khí... đều có sự góp sức của những người Pháp mà do Bá Đa Lộc chiêu mộ, kêu gọi. Việc củng cố Gia Định cộng thêm sự giúp đỡ của người Pháp đã giúp cho thế lực của Nguyễn Ánh ngày càng mạnh, có thể đối đầu với Tây Sơn.
Nhà nghiên cứu Maybon, trong cuốn sách "La Relation Bissachère và Histoire moderne du pays d’Annam", in năm 1920 tổng kết công trạng của những người Pháp do Bá Đa Lộc chiêu mộ trong việc trợ giúp Nguyễn Ánh chống Tây Sơn như sau:
- “Vai trò của nhóm người can đảm đếm trên đầu ngón tay này, trong sự thiếu vắng thông tin mong đợi, không thể xác định được một cách chi tiết. Nhưng không thể chối cãi được rằng họ đã góp phần lớn lao vào chiến thắng của Nguyễn Ánh. Ấy là chưa kể đến phần của họ trong những trận đánh quan trọng như trận tiêu diệt hạm đội của Tây Sơn năm 1792 và những trận dẫn đến chiến thắng Huế năm 1801. Người ta không khỏi khâm phục công trình tạo mà họ đã thực hiện trong những điều kiện không mấy thuận lợi: họ đã xây dựng một nền hải quân theo lối Tây phương và thành lập đội ngũ thủy binh; họ đã huấn luyện quân đội, họ đã đưa kỷ luật vào quân đội, thành lập những cấp chỉ huy; họ đã đúc đại bác, dạy cho người An Nam cách dùng trái phá, họ đã tạo ra đội ngũ pháo binh lưu động mà sự di chuyển đã khiến quân Tây Sơn khiếp viá; họ đã xây dựng những thành đài”
Trong lúc Nguyễn Huệ bận đối phó tình hình Bắc Hà, Nguyễn Lữ qua đời, Nguyễn Nhạc bất lực, Ánh nhanh chóng chiếm lại đất đai ở Nam Bộ rồi đánh lấn ra Diên Khang, Bình Thuận - đất của Nguyễn Nhạc. Nguyễn Nhạc già yếu không cứu được chỉ còn lo giữ Quy Nhơn, Quảng Ngãi, Phú Yên.
Khi nghe tin quân Thanh giúp Chiêu Thống sang đánh Tây Sơn va đã tiến chiếm Thăng Long, Nguyễn Ánh từng sai người chở 50 vạn cân gạo ra giúp quân Thanh để có thêm thế lực trợ giúp việc đánh Tây Sơn, nhưng thuyền đi giữa đường bị đắm hết.
Gia tộc bị chia rẽ
Sau khi được anh trai là Nguyễn Nhạc trao lại binh quyền, vua Quang Trung đang định chuẩn bị đem quân vào Nam đánh Gia Định thì đột ngột qua đời (1792). Con là Nguyễn Quang Toản còn nhỏ tuổi lên nối ngôi, tức là vua Cảnh Thịnh. Không có người lãnh đạo đủ năng lực, nhà Tây Sơn nhanh chóng suy yếu. Nội bộ xảy ra tranh chấp, quyền hành rơi vào tay ngoại thích Bùi Đắc Tuyên.
Năm 1793, Nguyễn Ánh đem quân đánh Nguyễn Nhạc. Nguyễn Nhạc cầu cứu ra triều đình Phú Xuân. Quang Toản sai Ngô Văn Sở, Phạm Công Hưng đem 17.000 quân và 80 thớt voi vào cứu, quân Nguyễn Ánh rút lui. Quân Phú Xuân nhân đó lại chiếm luôn đất đai của Nguyễn Nhạc. Lúc đó Nguyễn Nhạc đang bệnh trên giường, nghe tin đất phong của con mình là Nguyễn Văn Bảo bị chiếm mất thì uất quá thổ huyết mà qua đời. Quang Toản an trí Nguyễn Văn Bảo ra huyện Phù Ly, phế làm Hiếu Công và cai quản toàn bộ đất đai của dòng trưởng.
Tuy nhiên nội bộ Tây Sơn lại mâu thuẫn, các tướng tranh quyền. Vũ Văn Dũng giết Bùi Đắc Tuyên và Ngô Văn Sở (1795), Quang Toản nhỏ tuổi nên không làm gì được. Trần Quang Diệu đang đi đánh Nguyễn Ánh, nghe tin bị nghi oan đành rút quân về. Nguyễn Văn Bảocùng các tướng cũ nổi dậy chiếm Quy Nhơn nhưng bị dập tắt và giết chết. Lê Trung bị nghi ngờ sau đó bị giết, Nguyễn Văn Huấn cũng bị giết.
Tây Sơn sụp đổ
Biến loạn tạm thời dẹp yên nhưng đã làm chính quyền Tây Sơn suy sụp. Do Quang Toản đã giết Lê Trung trong vụ biến loạn tại Phú Xuân nên con rể Trung là Lê Chất bỏ sang hàng Nguyễn Phúc Ánh. Ánh nhân thời cơ đó ra sức Bắc tiến.
Năm 1800, Nguyễn Ánh chiếm được Quy Nhơn, tướng Vũ Tuấn đầu hàng. Quang Toản sai Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng đem quân vào chiếm lại. Tướng của Nguyễn Ánh là Võ Tánh tử thủ cầm chân hai danh tướng Tây Sơn trong hơn một năm. Năm 1801, Nguyễn Ánh nhận thấy tinh binh Tây Sơn đều tập trung cả ở chiến trường Quy Nhơn nên mang quân chủ lực vượt biển ra đánh Phú Xuân. Quang Toản thua trận bỏ chạy ra Bắc.
Đầu năm 1802, Tây Sơn chiếm lại thành Quy Nhơn, Võ Tánh tự vẫn. Nhưng lúc đó Nguyễn Ánh đã ồ ạt Bắc tiến tới Nghệ An. Trần Quang Diệu vội mang quân ra cứu, bị quân Nguyễn chặn đường, phải vòng qua đường Vạn Tượng (Lào). Tới Nghệ An thì thành đã mất, quân sĩ bỏ chạy gần hết, vợ chồng Trần Quang Diệu - Bùi Thị Xuân bị bắt, Vũ Văn Dũng không biết trốn đi đâu.
Giữa năm 1802 Nguyễn Ánh tiến ra chiếm được Thăng Long, Quang Toản không chống nổi, bỏ chạy và bị bắt. Nguyễn Ánh đã trả thù gia đình Quang Toản những người theo Tây Sơn vô cùng tàn bạo: Quang Toản bị 5 ngựa xé xác. Mộ của vua Thái Đức và vua Quang Trung bị quật lên, hài cốt bị giã thành bột nhồi vào thuốc súng và bắn đi, hộp sọ bị bỏ vào vò và giam trong ngục (Những người thương tiếc Tây Sơn vẫn gọi là "Ông Vò"). Nữ tướng Bùi Thị Xuân và con gái bị voi giày, Trần Quang Diệu do thờ mẹ già 80 tuổi có hiếu nên không bị hành hình quá dã man mà chỉ bị chém đầu.
Nhà Nguyễn ra sức truy sát những quan lại và hậu duệ của nhà Tây Sơn. Đến năm Minh Mạng thứ 12 (1831), quan quân nhà Nguyễn vẫn tiếp tục truy tìm hậu duệ của Tây Sơn, bắt được Nguyễn Văn Đức (con trai Nguyễn Nhạc) và Nguyễn Văn Đâu. Đâu là con của Đức, cả hai đều bị chém ngang lưng. Nhà Tây Sơn có còn sót lại hậu duệ nào hay không, đến nay vẫn chưa rõ ràng.