Quân Thanh tiến vào Thăng Long
Cuối năm 1788, vua Thanh đương thời là Càn Long sai Tổng đốc Lưỡng Quảng Tôn Sĩ Nghị chỉ huy hơn 29 vạn quân, huy động từ Lưỡng Quảng, Vân Nam và Quý Châu hộ tống Lê Chiêu Thống về Việt Nam với danh nghĩa phù Lê, vào chiếm đóng Thăng Long.
Càn Long còn đặc cử Phúc Khang An chuyên trách hậu cần. Theo sách Thánh vũ ký, phần "Càn Long chinh phủ An Nam ký" của Ngụy Nguyên đời Thanh, Phúc Khang An đã thiết lập trên 70 đồn quân lương to lớn và kiên cố từ hai đường Quảng Tây và Vân Nam tới Thăng Long. Riêng chặng đường từ ải Nam Quan tới Thăng Long, Khang An thiết lập 18 kho quân lương trong khi Tôn Sĩ Nghị hành quân.
Quân Tây Sơn do Đại Tư mã Ngô Văn Sở chỉ huy, theo mưu kế của Ngô Thì Nhậm, chủ động rút quân về đóng ở Tam Điệp - Biện Sơn (Ninh Bình) cố thủ chờ lệnh.
Quang Trung đại phá quân thanh
Nghe tin báo, ngày 25 tháng 11 năm Mậu Thân (22 tháng 12 năm 1788), Bắc Bình vương Nguyễn Huệ xuất quân tiến ra Bắc Hà. Với lý do vua Lê đã bỏ nước và rước giặc về, để có danh nghĩa chính thống, Nguyễn Huệ lên ngôi Hoàng đế, lấy niên hiệu Quang Trung.
Ngày 29 tháng 11 năm Mậu Thân (26 tháng 12 năm 1788), đại quân của hoàng đế Quang Trung tới Nghệ An, dừng quân tại đó hơn 10 ngày để tuyển quân và củng cố lực lượng, nâng quân số lên 10 vạn, tổ chức thành 5 đạo quân: tiền, hậu, tả, hữu và trung quân. Ngoài ra còn có một đội tượng binh với hơn 100 voi chiến. Vua Quang Trung còn tổ chức lễ duyệt binh ngay tại Nghệ An để khích lệ ý chí quyết chiến, quyết thắng của tướng sĩ đối với quân xâm lược Mãn Thanh. Ngay sau lễ duyệt binh, Quang Trung tiến quân ra Bắc Hà.
Ngày 20 tháng 12 năm Mậu Thân (15 tháng 1 năm 1789), đại quân của Quang Trung đã ra đến Tam Điệp, Ninh Bình. Sau khi xem xét tình hình, Quang Trung nói với toàn quân rằng chỉ trong 10 ngày sẽ quét sạch quân Thanh.
Sớm hơn cả dự kiến, chỉ trong vòng 6 ngày kể từ đêm 30 Tết âm lịch, quân Tây Sơn đã đánh tan 29 vạn quân Thanh bằng hàng loạt trận đánh tập kích, mai phục, thần tốc và chớp nhoáng mà trận Ngọc Hồi - Đống Đa là tiêu biểu. Trưa mồng 5 Tết Kỷ Dậu - 1789, quân Tây Sơn tiến vào Thăng Long.
Tôn Sĩ Nghị dẫn tàn quân bỏ chạy, trên đường chạy liên tiếp bị quân Tây Sơn mai phục chặn đánh. Cuối cùng, Tôn Sĩ Nghị và Lê Chiêu Thống chạy thoát về Trung Quốc.